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Liste de publications sur  arXiv et sur (site de Strasbourg)


Co-auteurs

Jean Bérard (Lyon, ICJ), Laurence Després (Grenoble, LÉCA), Jean-Denis Durou (Toulouse), Christian Gautier (Lyon, LBBE), Jean-Baptiste Gouéré (Orléans, MAPMO), Timothy Greenland (Lyon, Rétrovirus), Laurent Guéguen (Lyon, LBBE), Sébastien Ibanez (Bellinzona, WSL), Caroline Leroux (Lyon, Rétrovirus), Stilianos Louca (Iéna, Physique), Christian Mazza (Fribourg, Mathématiques), Christelle Melo de Lima (Lyon, LBBE / Grenoble, LÉCA), Julien Michel (Lyon, ÉNSL / Poitiers, LMA), Aurélia Quillon (Lyon, Rétrovirus)


Exposés récents

[E1] On some usual and some not-so-usual models of the evolution of nucleotidic sequences, cours aux Journées ALÉA 2011 et fiche de Travaux dirigés associée



Prépublications

[30] Specialized nursery pollination mutualisms as evolutionary traps stabilized by antagonistic traits, en collaboration avec Stilianos Louca, Sébastien Ibanez et Laurence Després, 23 pages environ, en révision pour Journal of Theoretical Biology.

[29] Statistical analysis of lentiviral sequences using hidden mixture transition distributions, en collaboration avec Aurélia Quillon et Caroline Leroux, 18 pages environ.

[28] Coupling times with ambiguities for particle systems and applications to context-dependent DNA substitution models, en collaboration avec Jean Bérard, 33 pages environ.



Publications récentes

[27] Asymptotics of iterated branching processes, Advances in Applied Probability 46, nº 3, 917-924 (2009).

[26] Asymptotics of posteriors for binary branching processes, Journal of Applied Probability 45, nº3, 1-16 (2008). [Nota : la revue a eu besoin de 344 jours pour traiter cet article, soit légèrement plus de trois semaines par page.]

[25] Solvable models of neighbor-dependent nucleotide substitution processes, en collaboration avec Jean Bérard et Jean-Baptiste Gouéré, Mathematical Biosciences 211, pages 56-88 (2008).

[24] Analysis of the structure of genes using hidden Markov models, en collaboration avec Christelle Melo de Lima, Laurent Guéguen et Christian Gautier, International Journal of Foundations of Computer Science 19, nº 1, pages 19-35 (2008).

[23] In silico segmentations of lentivirus envelope sequences, en collaboration avec Aurélia Boissin-Quillon et Caroline Leroux, BMC Bioinformatics 8, Article 99 (2007).

[22] A markovian approach for the prediction of mouse isochores, en collaboration avec Christelle Melo de Lima et Christian Gautier, Journal of Mathematical Biology 55, nº 3, pages 353-364 (2007).


Autres publications

[*] L'appel de la chaire, texte collectif sur le dispositif des chaires paru dans la Gazette des mathématiciens nº 124, avril 2010, pages 83-89.

 


Manuscrits

[M5] Quelques exemples d'interactions entre probabilités et sciences du vivant, exposé pour la réunion Bio-mathématiques et bio-informatique à l'Institut Fourier le 17 juillet 2007.

[M4] Sur quelques modéles d'évolution de séquences de nucléotides avec dépendance du voisinage, exposé au week-end de rentrée de l'Institut Fourier à Autrans, 30 septembre 2006.

[M3] Sur quelques applications des processus de branchement en biologie moléculaire, conférence pour l'atelier Applications à la biologie et à la dynamique des populations organisé par le GRIP, novembre 2003.

[M2] Maximal generalization of Baum-Katz theorem and optimality of sequential tests, prépublication du LaPCS, octobre 2000.

[M1] Sur deux propriétés de dualité des marches au hasard en environnement aléatoire sur Z, prépublication du LaPCS, janvier 2000, révision juin 2001.

 


Conférences publiées et posters

[C7] Analysis of the structure of genes using hidden Markov models, en collaboration avec Christelle Melo de Lima, Laurent Guéguen et Christian Gautier, The Prague Stringology Conference '06, Prague, République Tchèque, 2006, pages 123-136.

[C6] Prediction of human isochores using a hidden Markov model, en collaboration avec Christelle Melo de Lima, Laurent Guéguen et Christian Gautier, conférence longue à JOBIM 2005.

[C5] In silico markovian prediction of variable and constant regions of lentivirus genomes, en collaboration avec Aurélia Boissin-Quillon, Caroline Leroux et Timothy Greenland : Résumé sélectionné au First International Student Symposium in Computational Biology en 2005 ; Poster à ECCB 2005 ; Résumé sélectionné à IPG'04.

[C4] A computational prediction of isochores based on a hidden Markov model, en collaboration avec Christelle Melo de Lima, Laurent Guéguen et Christian Gautier, poster à ECCB 2005.

[C3] Modelisation of the length distribution of exons by sums of geometric laws, analysis of the structure of genes and G+C influence, en collaboration avec Christelle Melo de Lima, Laurent Guéguen et Christian Gautier, conférence longue à JOBIM 2004.

[C2] A markovian approach to the analysis of the structure of genes, en collaboration avec Christelle Melo de Lima, Laurent Guéguen et Christian Gautier, résumé pour un poster à ECCB 2003.

[C1] Non-visible deformations, en collaboration avec Jean-Denis Durou et Laurent Mascarilla, dans Proceedings of the 9th IAPR International Conference on Image Analysis and Processing (ICIAP'97), edited by Alberto Del Bimbo, volume I. Lecture Notes In Computer Science 1310, pages 519-526 (1997).


Publications plus anciennes

[21] Harmonic continuous time branching moments, The Annals of Applied Probability 16, nº 4, pages 2078-2097 (2006).

[20] Harmonic moments of non homogeneous branching processes, Advances in Applied Probability 38, nº 2, pages 465-486 (2006).

[19] A computational prediction of isochores based on hidden Markov models, en collaboration avec Christelle Melo de Lima, Laurent Guéguen et Christian Gautier, Gene 385, pages 41-49 (2006).

[18] Invariance principle for the coverage rate of genomic physical mappings, The Annals of Applied Probability 15, nº 4, pages 2553-2574 (2005).

[17] Confidence intervals for non homogeneous branching processes and PCR reactions, The Annals of Probability 33, pages 674-702 (2005).

[16] Further scaling exponents of random walks in random sceneries, Stochastic Processes and their Applications 112, pages 145-155 (2004).

[15] Immortal branching Markov processes: averaging properties and PCR applications, The Annals of Probability 32, pages 337-364 (2004).

[14] Products of correlated symmetric matrices and q-Catalan numbers, en collaboration avec Christian Mazza, Probability Theory and Related Fields 124, pages 574-594 (2002). url

[13] Mutation-replication statistics of polymerase chain reactions, Journal of Computational Biology 9, pages 831-847 (2002). url

[12] Scaling exponents of random walks in random sceneries, Stochastic Processes and their Applications 100, pages 3-25 (2002). url

[11] Processus de branchement en champ moyen et réaction PCR, Advances in Applied Probability 33, pages 391-403 (2001). url

[10] Dubins-Freedman processes and RC filters, en collaboration avec Christian Mazza, The Annals of Applied Probability 11, pages 1330-1352 (2001). url

[9] On the rate of escape of a mutation-selection algorithm, en collaboration avec Christian Mazza, dans Mathematics and Computer Science: Algorithms, Trees, Combinatorics and Probabilities, éditeurs Danièle Gardy et Abdelkader Mokkadem, Birkhäuser, pages 177-182 (2000).

[8] On the effect of selection in genetic algorithms, en collaboration avec Christian Mazza, Random Structures and Algorithms 18, pages 185-200 (2001). url

[7] Quasi-renewal estimates, Journal of Applied Probability 37, pages 269-275 (2000). url
Addendum to "Quasi-renewal estimates" for modeling DNA replication, Journal of Applied Probability 37, pages 1171-1172 (2000). url

[6] Ambiguous shape from shading with critical points, en collaboration avec Jean-Denis Durou, Journal of Mathematical Imaging and Vision 12, pages 99-108 (2000). url

[5] Large deviations and Young measures for a Poissonian model of biphased material, The Annals of Applied Probability 9, pages 706-718 (1999). url

[4] Théorème central limite fonctionnel pour une marche au hasard en environnement aléatoire, The Annals of Probability 26, pages 1016-1040 (1998). url

[3] Large deviations, central limit theorem and Lp convergence of Young measures and stochastic homogenization, en collaboration avec Julien Michel, ESAIM Probabilités et Statistique 2, pages 135-161 (1998). url

[2] Limit theorems for the simple random walk on a supercritical Galton-Watson tree, dans Trees, Workshop in Versailles, June 14-16, 1995, éditeurs Brigitte Chauvin, Serge Cohen et Alain Rouault, Birkhäuser, pages 95-106 (1996).

[1] Martingales browniennes et conjecture de Sakai, Annales de l'IHP Probabilités et Statistiques 31, pages 429-452 (1995).


Notes publiées

[N3] Random distributions, random affine systems, sampling of renewal processes, en collaboration avec Christian Mazza, Comptes-rendus de l'Académie des Sciences série I 333, pages 669-672 (2001). url

[N2] Rang et vitesse de la marche au hasard simple sur un arbre de Galton-Watson transient : deux théorèmes fonctionnels, Comptes-rendus de l'Académie des Sciences série I 321, pages 1257-1261 (1995).

[N1] Arbres subordonnés et potentiel, Comptes-rendus de l'Académie des Sciences série I 318, pages 245-250 (1994).


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